Arbetet bland mongolerna inleddes 1897 genom Svenska Mongolmissionen (se historik). Det dröjde dock fram till 1920 innan man etablerade arbete inne i det egentliga Mongoliet. Redan 1924 blev missionärerna tvungna att lämna det framgångsrika arbetet då det ryska inflytandet över landet stärktes. Det dröjde sedan ända till början av 1990-talet innan EÖM kunde återuppta kontakterna i Mongoliet. Detta blev möjligt sedan fria val hållits 1990 och landet demokratiserats. I september 1991 beslöt EÖM ge ett bidrag till Ian och Ackie Lowry som sändes ut våren 1992 till Folkrepubliken Mongoliet av Filadelfiakyrkan i Linköping och Ljus i Öster (som hette Slaviska Missionen då, organisationen bytte namn till Ljus i Öster 2000). Efter en kort period för familjen Lowry i Mongoliet sändes paret Magnus och Maria A ut till Mongoliet, med underhåll från bl.a. EÖM. De påbörjade arbete i staden Erdenet tillsammans med kristna mongoler från landets huvudstad Ulaanbaatar och i slutet av året fanns en handfull kristna. Den 17 januari 1993 döptes 14 mongoliska tonåringar och den första församlingen, ”Jesu församling”, i Erdenet var född.
1993 undervisade Magnus och Maria på universitetet i Erdenet. Inom några månader hade sjuttio mongoler döpts och ett framgångsrikt pionjärarbete inletts. Under de första åren växte församlingen till fyrahundra medlemmar. Missionärerna överlämnade 1996 arbetet till nationella ledare, och 1997 hade församlingen vuxit till sexhundra medlemmar. 1998 firade “Jesu Församling” i Erdenet femårsjubileum. De startade under det året ett missionsinstitut, Mongoliets Missionscenter, MMC, med ca fyrtio elever. EÖM stödde evangelisationen och gav även anslag till investering i en jeep. Under 1998 stödde EÖM tryckning av femtusen barnbiblar som användes för uppföljning av kristna barnprogram som sändes i TV över större delen av landet. Den största satsningen EÖM gjort var en halv miljon kronor som gick till projektering för det planerade kyrkbygget i Erdenet. Maria och Magnus lämnade Mongoliet 2003 för att påbörja arbete på nya fält.
Förutom Magnus och Maria har EÖM även stött Monika Ruderstam som med stor framgång startade och drev en förskola för fattiga barn i Erdenet i samarbete med kyrkan. Namnet på förskolan “Solongo” betyder regnbåge. “Solongo” är idag en fristående förskola i Erdenets mest utsatta område. EÖM har även givit stöd till Mats Berbres som arbetat med läderhantverksprojekt för mongoliska företagare och till April och Patrick Hellberg som bland annat arbetade med ett ungdomscafé som kallades “Eternal Springs”. Eeva och Erlank Claassen som arbetade i Ulaanbaatar stöddes också av EÖM.
EÖM är fortsatt engagerade i Mongoliet och har under 2017 och 2018 genom ekonomiska bidrag hjälpt församlingen i Erdenet bedriva evangelisation i svårtillgängliga delar av landet.